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平成12年4月より「追加型株式投資信託」に対して、従来の「平均信託金方式」に変えて用いられている課税の計算方法のことです。
従来の「平均信託金方式」では、各ファンド別の全ての投資家の平均投資元本（平均信託金）を基準として課税額が算定されていましたが、「個別元本方式」では、各ファンド別、各投資家別の個別の元本を基準として課税額が算定されることになっています。
また、平成14年4月より「公社債投資信託（日々決算型を除く）」にも同様の方式が導入されています。
個別元本は、各ファンド別、各投資家別の購入価額（基準価額）が基準となり、同一投資家が同一ファンドを異なる価額で何回かに分けて購入された場合は、移動平均で計算されます。
前回解約時残余取得金額＋以降総買付金額
前回解約時残余口＋以降総買付口数
×
単位口
（円未満切り上げ）
単位口＝基準価額の表示単位
（通常、単位口＝10,000口（一部銘柄を除く））
なお、個別元本は、期中の分配金に対する課税の有無によっても修正されることがあります。分配金に対する課税の有無は、各投資家の個別元本の水準によって異なります。